İki yıl önce WhatsApp’ı satın alan Facebook, ortaya çıkan güvenlik tartışmalarının ardından bu uygulamaya “uçtan uca şifreleme” özelliğini eklemişti. Böylece mesajlar, fotoğraflar ve WhatsApp’taki diğer tüm kayıtlar yalnızca kullanıcılar arasında kalıyor ve üçüncü kişilerle paylaşılmıyor.
Facebook Messenger’a da benzer bir sistemin uygulanacağı bildirildi. Ancak Messenger’daki sistem WhatsApp’a oranla biraz daha farklı çalışacak. Bu özellik seçilen herhangi bir mesajın gizli kalmasını sağlayacak. Tüm mesajlar gizli tutulmayacak, yalnızca belirlenen mesajlara bu gizlilik uygulanacak.
Messenger’daki bu yeni özellik, gönderilen mesaja tek bir cihazdan erişim imkanı sunacak. Yani şifreli mesaj yalnızca tek bir cihaz üzerinden açılabilecek. Aynı hesabın kurulu olduğu diğer telefon, tablet ve cihazlardan bile bu mesaja erişim mümkün olmayacak. Bu şifreli mesajlara Facebook tarafından da erişilemeyecek.